Pada 23 Oktober 1949 bersamaan 1 Muharram 1369 Hijrah iaitu pada hari Ahad, kerajaan Perak telah mewujudkan sebuah pejabat agama yang dinamakan sekarang sebagai Majlis Agama Islam dan Adat Melayu Perak. Penubuhan ini adalah bertujuan untuk menasihati dan membantu Sultan dalam hal-hal yang berkaitan dengan agama Islam dan Adat Melayu Perak di negeri Perak. Pada 1 Mei 1952, Kerajaan Perak telah meluluskan Undang-undang Majlis Agama Islam dan Adat Melayu Perak. Seterusnya pada 1 Mei 1965, Undang-undang Pentadbiran Agama Islam Perak pula telah diluluskan sebagai pengganti kepada undang-undang sebelumnya.Dengan penubuhan Majlis dan Jabatan Hal Ehwal Agama Islam Perak ini, pejabat Qadhi Besar yang sebelum ini berada di Kuala Kangsar telah dipindahkan dan disatukan di Ipoh. Di bawah pentadbiran Majlis Agama Islam pula, beberapa bahagian tertentu telah diwujudkan bagi melancarkan sebarang urusan yang dijalankan. Bahagian-bahagian tersebut adalah:

Pada tahun 1951, telah diperkenalkan tiga undang-undang iaitu :

Pada tahun 1951, Undang-undang Pentadbiran Agama Islam telah diluluskan dan dilaksanakan bagi menggantikan enakmen sebelum ini. Kedudukan Agama Islam di Tanah Melayu semakin kukuh apabila negara ini mencapai kemerdekaan dalam tahun 1957. Pada zaman kemerdekaan inilah, Majlis Agama Islam atau Jabatan Hal Ehwal Agama Islam telah diasaskan di setiap negeri di semenanjung.

Selepas tahun 1965, semua undang-undang yang telah digubal pada tahun 1951 tidak lagi digunakan. Ini adalah berikutan daripada tindakan Majlis Agama Islam yang telah mengadakan satu undang-undang baru yang merangkumi seluruh bidang Pentadbiran Agama yang dikenali sebagai Undang-undang Pentadbiran Agama Islam 1965.

Tujuan utama penubuhan Majlis Agama Islam dan Adat Melayu Perak serta Jabatan Hal Ehwal Agama Islam ini adalah untuk menasihati dan membantu Sultan mengenai hal pentadbiran sekolah agama, harta wakaf, guru agama, baitul mal, zakat fitrah, masjid, madrasah dan menyusun semula mahkamah Qadhi juga perkara-perkara yang berkaitan dengan Mufti Perak.

Pada asasnya Jabatan Agama Islam Perak (JAIP) telah disusun semula bagi mematuhi perakuan Unit Pemodenan dan Tadbiran Sumber Manusia (MAMPU) yang telah diluluskan oleh Jabatan Perkhidmatan Awam Malaysia (JPA) pada tahun 1989. Namun, pejabat-pejabat Agama Daerah tidak termasuk di dalam penyusunan semula ini. Pejabat Setiausaha Kerajaan Negeri Perak (SUK) melalui arahan Jabatan Perkhidmatan Awam (JPA) telah meminta Jabatan Agama Islam Perak menyusun semula organisasi secara menyeluruh dan berperingkat-peringkat. Berdasarkan arahan ini jabatan telah mengkaji dan mendraf semula kewujudan jawatan-jawatan baru secara menyeluruh selaras dengan keperluan negeri ini dalam meningkatkan keupayaan jabatan di dalam melaksanakan tugas dengan penuh tanggungjawab dan teratur.